Depois dos acontecimentos de Thor e Os Vingadores, Thor luta para restaurar a ordem em todo o cosmo. Mas uma raça antiga de Elfos Negros, liderada pelo vingativo Malekith, um inimigo sombrio que antecede o próprio universo e seu braço direito o jovem porém cruel Bastyan, retorna para afundar novamente o universo em trevas. Diante de um inimigo que nem Odin e nem Asgard podem combater, Thor deve embarcar em sua viagem mais perigosa e pessoal, que o reunirá com Jane Foster, que está possuída por um espírito maligno, conectado com os Elfos Negros, e o forçará a sacrificar tudo para salvar a todos. Thor terá que reconstruir Asgard, reunindo um exército para a batalha contra os Elfos Negros. Mas a única maneira dele poder fazer isso é indo para o Mundo das Trevas, e a única pessoa que tem acesso para o lado negro de Asgard é seu irmão mais novo Loki, que está trancado em uma prisão. Com a batalha se aproximando, Thor tem que negociar uma trégua com Loki. Thor, Loki e Jane vão para esse lado mais distante de Asgard, onde eles treinam e montam um exército para atacar o mundo dos Elfos Negros.